土壤微生物檢測針對土壤微生物，以往的研究大多聚焦于土壤微生物組成和多樣性的空間分異，而對土壤微生物組成和多樣性在時間尺度上的動態(tài)變化研究較少。人們觀測到很多微生物介導的生物地球化學過程均顯示出季節(jié)性的動態(tài)變化，如溫室氣體排放通量。然而，這些過程與微生物群落組成和多樣性動態(tài)變化的關系尚不清楚。在為數不多的一些有關土壤微生物群落動態(tài)變化研究中，人們利用時間序列分析和高通量測序技術發(fā)現，一些生態(tài)系統(tǒng)中土壤微生物群落組成和多樣性也表現出明顯的動態(tài)變化，動態(tài)變化的模式因不同生態(tài)系統(tǒng)而有差異。揭示這種動態(tài)變化的規(guī)律及其驅動機制，可以使我們深入認識微生物群落的演替規(guī)律及其對生態(tài)系統(tǒng)功能的影響，以揭示群落穩(wěn)定性與生物多樣性的關系，預測微生物群落對氣候變化、土地利用等擾動的響應。為了闡明這些科學問題，需要在不同生態(tài)系統(tǒng)中對土壤微生物類群和基因組進行長期、定點、動態(tài)的監(jiān)測;同時結合其他生態(tài)過程監(jiān)測，如生物地球化學過程、植被演替等，以便獲得系統(tǒng)的監(jiān)測數據。
zui近十余年來，上開展了一些微生物組計劃，這些計劃主要研究人體腸道微生物，如美國人體微生物組計劃，加拿大微生物組研究項目，以及歐盟和中國的MetaHIT項目等，尚缺乏專門針對土壤微生物組的研究計劃。當前進行的微生物組計劃沒有能夠很好地合作，研究方法也不統(tǒng)一，雖然各研究計劃都產生了大量數據，但很難對這些數據進行整合。如利用16SrRNA基因鑒定微生物群落組成時，由于擴增16SrRNA基因的引物不同，zui終獲得的數據差異很大。另外，由于生物信息處理序列數據時選擇的方法不同，估算微生物物種數量時可以差2–3個數量級。因此，對微生物多樣性監(jiān)測工作而言，標準化的研究流程和研究方法對于數據的可比性非常重要。然而，每種研究方法均有其局限性，過分追求標準化也不利于創(chuàng)新。如用常用的16SrRNA引物515F/806R調查土壤微生物組成時，可能會漏掉一些*的菌群。在第三代單分子測序技術的應用中，在對測序數據進行處理時，進行OTUs（可操作分類單元）分類是關鍵的一步，目前雖然有很多計算方法，但沒有一種方法適用于所有的情況，所以要根據研究問題、數據情況和計算能力來選擇。
對于土壤微生物檢測多樣性監(jiān)測的系統(tǒng)研究工作很少，可以借鑒的經驗和標準方法不多。美國科學家發(fā)起的地球微生物組計劃，目的是為了在尺度上收集各種生態(tài)系統(tǒng)中微生物群落組成和分布的數據，分析微生物群落的分布、多樣性及形成機制。項目組織者也建議了一些標準化的方法，涉及實驗室技術和數據處理流程等，如土壤基因組DNA提取建議用MoBio公司生產的PowerSoilDNAisolationkit。該試劑盒采用的方法能有效地去除土壤中的PCR抑制物，可重復性強，但價格較高。PCR擴增16SrRNA基因建議用515F/806R,利用Illumina公司的Miseq或Hiseq平臺測序;18SrRNA基因的擴增推薦用Euk_1391f和EukBr，擴增子序列的處理推薦用QIIME平臺。該項目還對如何提供與樣品對應的宏數據也進行了一定的規(guī)范。但是，該項目沒有對野外取樣過程和土壤微生物動態(tài)監(jiān)測的方法提出建議。這種人為設定的標準方法和流程還存在一些問題。筆者認為，在土壤微生物多樣性監(jiān)測方法的選擇上，要根據不同的研究目的制定出多套研究方案，同時及時采用新的技術手段，鼓勵探索新的方法。
土壤微生物檢測多樣性監(jiān)測將產生大量數據，加上已經發(fā)表的數據，數據的管理、查詢和挖掘亟需建立大數據平臺，然而至今尚沒有系統(tǒng)的土壤微生物多樣性的數據集和專業(yè)數據庫。如何實現微生物多樣性監(jiān)測數據的共享，涉及到很多具體問題需要解決，如數據整合和共享方式、數據庫運行支撐體系、知識產權保護問題等等。
另一方面，為了研究一個物種的生理、生化特征及工業(yè)應用，分離純化功能微生物是非常重要的。至今，環(huán)境中的大多數微生物物種還不能在實驗室中被分離培養(yǎng)出來，這是當前土壤微生物多樣性研究中存在的一個大問題，因此，傳統(tǒng)分離培養(yǎng)方法的改進也是土壤微生物多樣性研究的重要課題。利用監(jiān)測獲得的數據可以得到物種的分類信息，把要分離的物種與已分離菌種的生長條件進行比較，通過查詢已知培養(yǎng)基數據庫（如KOMODO），可以為分離新菌種推薦培養(yǎng)基和培養(yǎng)條件。而一株重要功能微生物的獲得，可以對人類社會產生巨大的影響。
綜上所述，建議在國家層面上頂層設計相關重大項目，圍繞土壤微生物多樣性監(jiān)測、微生物資源挖掘、分離培養(yǎng)新技術和微生物資源大數據共享平臺建設等方面重點開展研究。